A Tokyo, en 1994, Setsuna Mûdo est un jeune lycéen amoureux de
sa sœur Sara,
sentiment partagé. Mais, c'est alors qu'intervient
Kourai, une
princesse archange qui vient tuer Sara sans laisser
d'explication. Setsuna découvre alors qu'il est la
réincarnation d'un
ange déchu, vaincu durant la Grande Guerre des Anges: Alexiel. Sans en
savoir beaucoup plus, il va devoir sauver l'âme de sa bien-aimée. Mais
pourquoi tant d'archanges souhaitent la mort d'Alexiel ? Et quel est le
rapport avec le jeu mystérieux appelé "Angel Sanctuary", cause de
meurtres inexpliqués?